I Berlin fick den 23-årige Sibelius svindlande musikaliska upplevelser. Redan den första kvällen hörde han Mozarts Don Giovanni på Kroll-operan. Under studieåret hörde han också till exempel Wagners Tannhäuser och Mästersångarna i Nürnberg, Hans von Bülows legendariska Historische Klavierabend-pianokonserter, Beethoven-konserter av samma konstnär med Berlins filharmoniker samt Don Juan av den unge Richard Strauss. Joseph Joachim-kvartettens framföranden av till exempel Beethovens kvartett F-dur opus 59 och Schuberts C-durkvartett gjorde ett starkt intryck på Sibelius.

Sibelius blev Albert Beckers elev, och måste göra de övningar som läraren krävde i en sträng stil. Becker var en uppskattad yrkesman, hade skrivit en populär b-mollmässa och var styrelsemedlem i Kungliga konstakademin. De ändlösa fugaövningarna och det kontrapunktiska stretet var otvivelaktigt till nytta, men de dödade inspirationen. Sibelius tonsättarådra blockerades för månader.

Sibelius inställde sig avogt till tidens anda i järnkansler Otto von Bismarcks Berlin, han tyckte att den var för pessimistisk och konservativ. Han umgicks närmast med andra utländska studenter, såsom dansken Fini Henriques, den norske författaren Gabriel Finne och Adolf Paul. Sibelius spelade kammarmusik med sina vänner och köpte billiga partitur på lokala antikvariat. Om kvällarna levde han klart över sina tillgångar, köpte operabiljetter till de bästa platserna och njöt av goda restaurangers gåvor. Det glada studentlivet ledde till sjukdom, enligt den spralliga brevväxlingen till och med en könssjukdom. I november 1889 hamnade Sibelius även på sjukhus för vård.

När han blivit frisk träffade han Ferruccio Busoni. Denne inbjöd Sibelius och Paul till Leipzig till urpremiären för den gemensamma vännen Christian Sindings pianokvintett. Busoni spelade själv piano på premiären. Sindings verk väckte Sibelius lust att komponera, och under vårsäsongen 1890 färdigställde han Berlinårets enda betydande verk, pianokvintetten i g-moll.

Mitt i kompositionsarbetet hörde han att Robert Kajanus skulle dirigera Berlins filharmoniker som tonsättarkapellmästare. I programmet fanns Kajanus egen komposition Aino. Sibelius var inte förtjust i verket, men även han var intresserad av att kombinera Kalevala och musik och ett lika fint tillfälle att uppträda. "Nästa gång skall det vara jag", lovade Sibelius åt sig själv när han lämnade konserten. Detta förverkligades 12 år senare, när han dirigerade sin egen Saga på Berlinfilharmonikernas konsert på samma ställe.

Becker var nöjd med pianokvintetten och skrev ett lovordande betyg som samtidigt framhöll vikten av tilläggsstudier. Pianokvintetten var ett tillräckligt prov för senaten, som beviljade Sibelius ett stipendium på 2000 mark (cirka 8000 euro i nuvarande valuta) också för följande läsår.

Sibelius ville inte återvända till Berlin. Han planerade att resa till Wien efter att ha tillbringat sommaren i Finland. Avfärden försenades emellertid, för romansen med Aino Järnefelt tändes på nytt och ledde till en hemlig förlovning i september. På hösten komponerade Sibelius färdig även en B-durkvartett som är ett av hans bästa ungdomsverk. Som den enda av studieårens kvartetter fick det balanserade verket till och med ett opusnummer av Sibelius.